La mise en examen intervient lors de l'instruction et est prononcée par le juge d'instruction. Une première comparution du suspect devant le juge d'instruction est obligatoire (article 116 du Code de procédure pénale). C'est à l'issue de cette comparution que le juge décide de la mise en examen, ou opte pour le statut de témoin assisté.
La mise en examen est obligatoire pour une personne contre laquelle il existe des indices graves ou concordants prouvant son implication dans des faits instruits par le juge ou lorsqu'elle est nommément visée par un réquisitoire du procureur. Elle doit également être mise en oeuvre lorsqu'un témoin assisté souhaite être mis en examen.
Le mis en examen bénéficie ensuite de certains droits : il a accès au dossier et peut bénéficier de l'assistance d'un avocat. Il peut également demander au juge d'instruction de procéder à tout acte qui lui paraissent nécessaires à la manifestation de la vérité (article 82-1 du Code de procédure pénale).
Lors de la mise en examen, le juge peut également mettre en place un contrôle judiciaire, une assignation à résidence avec bracelet électronique, ou envisager une détention provisoire (décision qui relève du juge des libertés et de la détention).