Cher Monsieur,
Il faut effectivement faire un recours pour excès de pouvoir auprès du tribunal administratif compétent. Il faut faire attention s'il y a un délai d'exécution de 30 jours ou s'il s'agit d'une OQTF sans délai. S'il y a un délai de 30 jours, le délai de recours pour contester l'OQTF est lui aussi de 30 jours, autrement, il est de 48 heures.
Pour votre recours, il faudra plaider l'erreur manifeste d'appréciation en apportant des preuves de vos dépôts de demandes de titre de séjour auprès de la préfecture (Capture d'écrans si demande en ligne, accusés de réception, etc...). L'idée étant de démontrer que la préfecture a commis une erreur en disant que vous vous êtes maintenu illégalement sur le territoire. Il faudra aussi apporter, à l'appui de votre requête, les différentes attestations de prolongation d'instruction.
Merci d'indiquer que la question a été résolue.